В поисках пропавшего наставника черепашки-ниндзя отправляются в космос, где знакомятся с учёным, заключённым в теле робота, а также вступают в конфронтацию с людьми федерации и тропическими трецератопсами. Вернувшись на Землю, они узнают новых союзников и раскрывают тайну своего происхождения.