Книга И. Р. Шафаревича "Трехтысячелетняя загадка" представляет собой исследование истории еврейства через призму событий и изменений, происходящих в современной России. Автор рассматривает возникающие конфликты и взаимовлияние культур, пытаясь найти ответы на вопросы, накопившиеся за тысячелетия.